Szafy bezpieczeństwa biologicznego składają się zazwyczaj z trzech elementów: obudowy zewnętrznej, obszaru roboczego (szafy) oraz systemu filtrów HEPA.

1. Powłoka zewnętrzna - chroni użytkownika i środowisko przed szkodliwymi czynnikami biologicznymi dzięki zastosowaniu materiałów odpornych na korozję i łatwych w czyszczeniu.

2. Obszar roboczy (szafka) — obszar, w którym operator manipuluje próbkami biologicznymi.Jest otoczony systemem wylotu powietrza z filtrem HEPA, który filtruje i usuwa potencjalnie zakaźne materiały i cząsteczki komórkowe.

3. System filtrów HEPA — wysokiej jakości filtry zamknięte w obudowie ze stali nierdzewnej usuwają szkodliwe cząsteczki i zanieczyszczenia mikrobiologiczne.

Ogólny projekt różnych producentów może się różnić, ale prawie wszystkie modele zawierają te trzy podstawowe elementy.