Istnieje wiele branż, w których filtry HEPA do pomieszczeń czystych odgrywają ważną rolę w zapewnianiu czystości powietrza i eliminowaniu potencjalnych zanieczyszczeń.Przemysłowe pomieszczenia czyste są wykorzystywane między innymi w przemyśle medycznym, farmaceutycznym, spożywczym i półprzewodnikowym do ochrony wrażliwych produktów i procesów przed infekcjami przenoszonymi drogą powietrzną, mikroskopijnymi cząstkami i innymi zanieczyszczeniami.

W szpitalach filtry HEPA do pomieszczeń czystych służą do tworzenia sterylnych i bezpiecznych sal operacyjnych.W przemyśle farmaceutycznym i spożywczym filtry te są używane do utrzymania czystego środowiska wolnego od zanieczyszczeń mikrobiologicznych i chemicznych.W przemyśle półprzewodników filtry te pomagają zredukować ilość pyłu i innych cząstek, eliminując wszelkie potencjalne zanieczyszczenia na linii produkcyjnej.