Systemy HVAC wymagają stosowania filtrów, aby powietrze pozostało czyste i wolne od szkodliwych cząstek.Dostępnych jest kilka rodzajów filtrów, w tym filtry mechaniczne, filtry elektrostatyczne i filtry HEPA.Filtry mechaniczne wykorzystują barierę fizyczną do wychwytywania cząstek, natomiast filtry elektrostatyczne przyciągają i zatrzymują cząstki poprzez ładunek elektrostatyczny.Filtry HEPA są najbardziej wydajne i mogą wychwytywać cząsteczki o wielkości zaledwie 0,3 mikrona.

Poziom czystości systemu HVAC odnosi się do ilości czystego powietrza dostarczanego do pomieszczenia.Mierzy się go w wymianach powietrza na godzinę (ACH), czyli ile razy powietrze w danym pomieszczeniu jest całkowicie wymieniane na godzinę.Zalecane ACH dla przestrzeni komercyjnych wynosi około 4-6, podczas gdy ACH dla szpitali i laboratoriów może wynosić nawet 12-15.

Projektując system HVAC, należy wziąć pod uwagę takie czynniki, jak wielkość przestrzeni, rodzaj osób i oczekiwany poziom zanieczyszczenia powietrza.Właściwy projekt kanałów i rozmieszczenie nawiewników są również ważnymi kwestiami.System powinien być zaprojektowany tak, aby zapewniał równomierne rozprowadzanie powietrza w całej przestrzeni i zapobiegał gromadzeniu się powietrza zastałego.